上海分院是中國(guó)科學(xué)院的派出機(jī)構(gòu)，負(fù)責(zé)聯(lián)系和管理中國(guó)科學(xué)院在上海、浙江、福建地區(qū)的研究院所工作。上海分院始于1950年3月經(jīng)政務(wù)院批準(zhǔn)成立的中國(guó)科學(xué)院華東辦事處，接管并改造了原中央研究院和北平研究院在上海、南京的研究機(jī)構(gòu)，1958年11月成立上海分院，1961年改為華東分院，1970年中國(guó)科學(xué)院撤消分院體制，1977年11月恢復(fù)成立中國(guó)科學(xué)院上海分院。

　　上海分院系統(tǒng)現(xiàn)有20家機(jī)構(gòu)（含上海分院）：上海微系統(tǒng)與信息技術(shù)研究所、上海硅酸鹽研究所、上海光學(xué)精密機(jī)械研究所、上海應(yīng)用物理研究所、上海技術(shù)物理研究所、上海有機(jī)化學(xué)研究所、上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所、分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心、腦科學(xué)與智能技術(shù)卓越創(chuàng)新中心、分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心、上海天文臺(tái)、上海藥物研究所、上海免疫與感染研究所、福建物質(zhì)結(jié)構(gòu)研究所、寧波材料技術(shù)與工程研究所、城市環(huán)境研究所、上海高等研究院、微小衛(wèi)星創(chuàng)新研究院、杭州醫(yī)學(xué)研究所。

　　上海分院系統(tǒng)有13個(gè)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、39個(gè)中國(guó)科學(xué)院重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，并設(shè)有中國(guó)科學(xué)院上海教育基地。