周波組合作建立高通量單細(xì)胞代謝組技術(shù)解析造血干細(xì)胞異質(zhì)性

文章來源:分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心  |  發(fā)布時間:2024-01-08  |  【打印】 【關(guān)閉

  

  1月2日,國際學(xué)術(shù)期刊Cell Metabolism在線發(fā)表了中國科學(xué)院分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心周波研究組、華東師范大學(xué)萬晶晶教授和上海交通大學(xué)錢昆教授的合作研究成果:“Deciphering the metabolic heterogeneity of hematopoietic stem cells with single-cell resolution”。該工作從頭搭建了一套結(jié)合抗體染色、預(yù)固定、流式分選、自動化樣品處理以及基質(zhì)輔助的激光解吸電離質(zhì)譜技術(shù)的高通量單細(xì)胞代謝組分析平臺(high-throughput single-cell metabolomics, hi-scMet),能夠從單細(xì)胞中檢測到超過100個代謝物?;诖思夹g(shù),該工作成功繪制了造血譜系全細(xì)胞代謝組圖譜,揭示了造血干細(xì)胞擴(kuò)增過程中的代謝轉(zhuǎn)變,也證明了磷酸戊糖途徑在造血干細(xì)胞激活中的作用。

  造血干細(xì)胞(hematopoietic stem cell)是一類非常稀少的干細(xì)胞,能夠通過自我更新及多系分化建立起完整且成熟的血液系統(tǒng)。在發(fā)育的不同階段,造血干細(xì)胞的代謝狀態(tài)也發(fā)生了巨大的變化。為了滿足造血需求,造血干細(xì)胞會在胚胎時期快速增殖分裂,小鼠出生后,造血需求逐漸降低,造血干細(xì)胞會暫停分裂,進(jìn)入長期靜息狀態(tài)。得益于質(zhì)譜技術(shù)的發(fā)展,造血干細(xì)胞代謝相關(guān)研究越來越豐富,已經(jīng)有不少研究人員利用液相質(zhì)譜(liquid chromatography–mass spectrometry)技術(shù)證明了數(shù)種代謝物及其通路能夠直接參與造血干細(xì)胞功能調(diào)控。然而,造血干細(xì)胞并非是一個均勻的整體,傳統(tǒng)的液相質(zhì)譜技術(shù)難以用于細(xì)胞的異質(zhì)性分析,在檢測通量上也有著明顯的局限性,因此如何高通量地在單細(xì)胞水平解析造血干細(xì)胞的代謝組將是下一個挑戰(zhàn)。

  周波研究組分離了成體小鼠骨髓中的12種血系細(xì)胞,共計1428個細(xì)胞進(jìn)行了單細(xì)胞代謝組分析,利用hi-scMet技術(shù)平臺繪制了整個造血譜系的單細(xì)胞代謝組圖譜,此外,團(tuán)隊引入了TetO-H2B-GFPR26rtTA小鼠模型,將造血干細(xì)胞分為4個自我更新能力不同的亞群。結(jié)果證明,造血干細(xì)胞亞群的代謝水平呈現(xiàn)出趨勢性變化,自我更新能力越強(qiáng)的造血干細(xì)胞越偏向于維持在低代謝活性狀態(tài),其中33個代謝物出現(xiàn)了顯著性的趨勢性變化。在這之中,有不少物質(zhì)參與糖代謝,例如葡萄糖、乳酸、蘋果酸與6-磷酸葡糖酸(6PG)等。

  為了確定6PG所在的磷酸戊糖途徑是否能在體內(nèi)調(diào)控造血干細(xì)胞的功能,周波研究組設(shè)計并引入了6PG合成酶基因敲除小鼠Pgls+/-以及磷酸戊糖途徑抑制劑6-AN。結(jié)果發(fā)現(xiàn), Pgls基因敲除的造血干細(xì)胞在長期移植重建時表現(xiàn)出更弱的血液系統(tǒng)重建能力;6-AN注射也會顯著抑制造血干細(xì)胞及祖細(xì)胞的重建過程。這證明基因敲除或藥物抑制磷酸戊糖途徑都會導(dǎo)致造血干細(xì)胞的自我更新能力受損。

  總之,該項研究成功建立了基于流式分選的單細(xì)胞代謝組分析平臺,彌補(bǔ)了過去代謝組分析在靈敏度、通量、細(xì)胞完整性與靶向性不能俱全的問題,成功繪制了造血譜系全細(xì)胞代謝組圖譜,證明了造血干細(xì)胞處于更低的代謝活性,發(fā)現(xiàn)了磷酸戊糖途徑能調(diào)控造血干細(xì)胞的自我更新能力。

  上海交通大學(xué)曹敬博士生、分子細(xì)胞卓越中心姚頎博士生和上海交通大學(xué)吳嬌博士生為該論文的共同第一作者。分子細(xì)胞卓越中心周波研究員為該論文的責(zé)任通訊作者,華東師范大學(xué)萬晶晶教授和上海交通大學(xué)錢昆教授為該論文的共同通訊作者。該項工作得到了中國科學(xué)院、基金委、科技部等項目的資助以及分子細(xì)胞卓越中心動物實驗技術(shù)平臺和細(xì)胞分析技術(shù)平臺的幫助與支持。

  文章鏈接:https://doi.org/10.1016/j.cmet.2023.12.005

高通量單細(xì)胞代謝組解析平臺示意圖