【中國科學(xué)報(bào)】病毒基因組自動(dòng)化鑒定云平臺(tái)上線

文章來源:  |  發(fā)布時(shí)間:2020-03-09  |  【打印】 【關(guān)閉

  

  日前,中國科學(xué)院上海巴斯德研究所、中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所共同開發(fā),華為提供云計(jì)算技術(shù)支撐的病毒基因組自動(dòng)化鑒定云平臺(tái)(Virus Identification Cloud, VIC)在華為云正式上線。

  該平臺(tái)直接對(duì)接人體樣本的RNA二代測序原始數(shù)據(jù),具有對(duì)數(shù)據(jù)全自動(dòng)質(zhì)量控制、拼接和病毒組成分析等功能,可快速檢測樣本中可能存在的包括新型冠狀病毒在內(nèi)的各種病毒,并在線分析其相對(duì)載量。

  據(jù)介紹,基于基因組分析結(jié)果,該平臺(tái)可精準(zhǔn)識(shí)別病毒基因特性,監(jiān)測病毒變異趨勢(shì),在疫情防控、疾病診治、藥物篩選、疫苗設(shè)計(jì)與藥物研發(fā)等工作中發(fā)揮不可替代的基礎(chǔ)性的作用;也將支撐病毒溯源、變異進(jìn)化、致病機(jī)理等研究工作。

  VIC平臺(tái)實(shí)現(xiàn)了從病毒組基因組測序到基因組拼接與鑒定的“一鍵式”自動(dòng)化服務(wù),極大簡化了操作流程。各醫(yī)院只需上傳病例原始數(shù)據(jù)至VIC網(wǎng)上平臺(tái),即可觸發(fā)病毒基因分析流程,并獲得該病例的全基因組分析結(jié)果。

  VIC分析結(jié)果不僅能為全面分析患者的呼吸道病毒組、研究其致病因子提供支撐,亦可助力臨床診斷,為采取相應(yīng)的治療措施提供參考,同時(shí)還可監(jiān)測病毒變異趨勢(shì),便于提前制定應(yīng)對(duì)措施。

  目前,上海市公共衛(wèi)生臨床中心、上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院作為平臺(tái)的首批用戶,已在VIC上完成了批量新型冠狀病毒肺炎患者樣本的基因組原始測序數(shù)據(jù)分析。

 ?。ㄔd于《中國科學(xué)報(bào)》 何靜 2020-02-17 第4版 綜合)